З грудня 1910 р. О.Ф.Музиченко викладав на тимчасових курсах із підготовки вчителів середніх шкіл у Києві. Одночасно, він одержав запрошення прочитати курси “Школознавство”, “Вступ до експериментальної дидактики” у Фребелівському педагогічному інституті. З огляду на це Олександр Федорович остаточно переїхав до Києва, де працював учителем, а пізніше – інспектором 4-й Києво-Печерської гімназії.
Учений став одним із засновників і першим директором Київського педагогічного музею. У своїх творах цього періоду “Що таке педагогіка і чому вона вчить” (1912 р.), “Сучасні педагогічні вчення в Західній Європі й Америці” (1919 р.) він визначив педагогіку як науку, пояснив її сутність, принципи побудови школи й організацію її діяльності.
З 1917 року О.Ф.Музиченко працював директором 4-й Київської гімназії, а з 1920 р. – очолив Київську трудову школу № 43 і одночасно працював професором Київського інституту народної освіти. О.Ф.Музиченко на практиці пробував зв’язати передовий досвід закордонної школи з досвідом нової радянської школи, запроваджуючи комплексний підхід до виховання й освіти. Цій проблемі були присвячені його праці “Проблеми комплексності в Німеччині й у нас” (1924 р.), “Культура народу, світогляд дитини і комплексність” (1928 р.).
Упродовж останнього десятиліття життя О.Ф.Музиченко відійшов від активної науково-педагогічної діяльності. Причиною цього стала дискусія, що проходила в 1925-1926 р. у Київському будинку вчителя, за назвою “Суд над комплексом”.
Відстоюючи ідею комплексності, учений бачив першочергове місце особистості вчителя в організації навчально-виховного процесу. Однак, положення теорії комплексності в головному були відкинуті радянською педагогікою.
Олександр Федорович Музиченко залишив яскравий слід у дорадянському кримознавстві як етнограф болгарського населення півострова. Його праці, на жаль, були невідомі фахівцям, тому що не ввійшли до рукописної картотеки єдиного з існуючих у ХХ ст. універсальних бібліографічних покажчиків із кримознавства «TAURICA».
